建国后，三峰寺连遭三次火焚。三峰寺原有的寺院既无法满足信众正常宗教生活需要，也与寿宁县重点寺院的地位不相称。寺院僧众发心按药师佛道场的职能扩建寺院，把三峰寺建成一座践行药师佛十二大愿、在全国佛教界有影响力的丛林。[2] 1958年该寺经省批准为对外开放寺庙；1982年重建大雄宝殿；1983年在省、地、县党政部门及各界人士的大力资助下，仿照原寺格式，重建了大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼。之后，相继新建了斋堂、藏经楼、僧寮等。1986年1月公布为县级文物保护单位；抗日战争时期，福州鼓山涌泉寺老僧明洁法师(北京朝阳大学法律系毕业，学士)，在此寺任住持，并担任寿宁县佛教分会第二届理事长。1985 年改建三峰寺大雄宝殿时出土有一高52厘米、宽27厘米、长32厘米的石香炉，炉身正面刻“三峰寺”3字，背面刻有龙的浮雕图案，炉耳刻“大宋开宝乙亥年孟秋月僧献”。1999年，县政府拟十年规划，组织民间投资，在三峰寺周边建造公园，占地面积40.4公顷。2000年，公路已修通直达寺门，并修建了望成亭、长寿亭以及弥勒菩萨塑像等。2006年5月1日启建“祈祷世界和平、社会和谐、延寿安宁”药师法会七永日，在全国率先建立专门弘扬药师法门的专业道场。檀越施主慷慨解囊捐资。寺院根据立地条件进行整体规划设计，整个建筑仿唐风格，集寺院园林于一体，既能满足僧侣修行、佛教信众活动，又能满足各界人士休闲游览的需要。 2006年5月2日三峰禅寺药师殿举行奠基典礼。截至2015年12月，药师殿、僧舍、静养院、关房已完工，钟鼓楼、天王殿、山门、佛教文化广场等还在修建中。寺院总占地10000多平方米，总投资约3000万元，以三峰寺为中心，建设了三峰公园。三峰公园的建成，为三峰寺增添了新的景点，它将成为寿宁县城关人民休闲、游览的好去处。