据漳州府志与寺内现存的圣旨碑记载，此院建于唐朝垂拱二年（即公元686年）。石室禅院在有历史记载的修建年代中——宋、元、明、清、民国均有考证。明代倭寇侵扰闽海，戚继光将军领兵入闽，抗击倭寇，至今石室禅院后山，仍然留有戚将军抗倭的“游城古寨”与“尖山古寨”遗迹，及当年扎兵驻寨时所用马槽，这些历史遗物，无不一一昭示，当年的丰功伟绩。石室禅院历经兴衰史迁，在明朝时传为全盛。寺内有僧数百，但后来据说最多只能住99个出家人，再不增至100，其中有一缘故，原来古石室禅院所在地风水极佳，名为“金鸡抱卵”——（卵圆光形，喻比出家人），而寺院对面有一山为蛇形，寺山之间一河相隔，故而无恙，否则，蛇吞鸡卵，极是不详，后寺院来一道士，自感受怠慢，便暗中鼓动乡人造桥于河上。于是风水被破，“金鸡”受“蛇”侵袭，难以护卵至百个。此后寺院渐渐衰落。改革开放初，有人盗运石室禅院古石狮，车行半路莫名连续爆胎，窃者 惊怕。就把石狮扔至附近甘蔗地，而由当地人寻回。据说古石狮嘴里含的圆石，若有人想求小孩，多摸几下就会如愿。文革期间，盛传一事。说是石室禅院内本有一尊玉观音，有一教师，趁寺院惨遭浩劫之时，突发奇念，砍掉佛头，背佛身回家，欲作一玉茶几，激怒护法善神，施以惩罚，其人路至海沧嵩屿码头，还未上船，途中暴死。1989年，宗教政策落实后，在霞阳村众姓居士的辛苦努力下，扫除秽物，重塑金身，禅院开始重现香火。昔日的牛房，顿成悠古的寺院，香客络绎不绝。当时的区委办公室主任杨炳坤居士还把所有石室禅院的历史资料整理成册。1996年底，受市佛协委托，兼当地居士邀请。忠明法师、朗明法师来此寺常住。两位法师毕业于闽南佛学院，乃发起重兴石室禅院之宏愿，内重自修，举办各种法会，外重弘法，积极促进与各界交流，并在2000年初创立厦门市石室禅院慈善功德会。2001年初开建的蔡尖尾山隧道打通后，禅院前面一条主干道将其直通海沧大桥，厦门及海沧交通愈加方便。寺院后山，自古以来就相传有十八景，如高山天湖、试剑石、仙脚石、石鼓、石旗、观音崖、三魁岭古道等自然景观和人文遗产，为此也留下不少民间故事和神话传说，令人发古之幽情，感今之盛世。，并在2000年初创立厦门市石室禅院慈善功德会。功德会以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨，以“感恩、净心、惜福”为理念，联合了一大批学佛青年及热心人士参与慈善活动，举行了诸如助学、济贫、环保、救病、义卖、文化讲座、老幼关怀等各种活动，在岛内外产生很大影响，各大电视、报纸常有报导。